С 1974 года по 1976 год прислуживал в московском храме Рождества Иоанна Предтечи на Пресне. Именно в период пономарства в этом храме, настоятелем которого был протоиерей Николай Ситников, Александр Шаргунов окончательно определил свой дальнейший путь.
В 1976 году, сдав экзамены за 1-й и 2-й классы, был принят в 3-й класс Московской духовной семинарии. По окончании 3-го класса сдал экзамены за 4-й класс и был принят на первый курс Московской духовной академии (МДАиС) в 1977 году.
27 марта 1977 года был рукоположён в сан диакона, а 21 мая того же года и в сан священника.
В 1986 году был возведён в сан протоиерея.
С 1 сентября 1989 года — преподаватель Московской духовной академии и семинарии. В эти годы он преподавал Священное Писание и одновременно занимался активной общественной деятельностью.
В 1991 году назначен настоятелем храма во имя святителя Николая Чудотворца в Пыжах.
В апреле 1994 года создал Общественный комитет «За нравственное возрождение Отечества» и занял в нём пост председателя (члены — писатели Валентин Распутин, Владимир Крупин, Василий Белов, певица Лина Мкртчян и другие общественные деятели; заместитель председателя — священник РПЦЗ (позднее РПЦЗ(В)) Стефан Красовицкий).
Отец Александр регулярно выступал с проповедями на православном радио «Радонеж», в журнале «Русский Дом» отвечает на письма читателей, является составителем шести сборников «Чудеса Царственных Мучеников», автором многочисленных книг.
7 апреля 2012 года в храме Христа Спасителя патриархом Кириллом в числе других священнослужителей был удостоен права ношения митры.