Из-за того, что Кальвин, как и гуманисты, испытывал сильную неприязнь к богословам-схоластам, которые написали труды по систематическому богословию, его произведения написаны в другом стиле.
Кальвин оставил большое количество трудов: комментарии почти ко всем книгам Библии, полемические сочинения, политические памфлеты и научно-богословские трактаты. Было издано большое количество проповедей, записанных последователями. Около 3 тысяч рукописных проповедей и лекций хранится в библиотеках Швейцарии. Известно около 1300 писем на различные темы. Большая часть писем адресована Г. Фарелю. Многие книги были посвящены правителям государств, что было поводом для завязывания отношений. Например, комментарий к апостолам Кальвин посвятил датскому королю Кристиану, комментарий к 12 малым пророкам посвящён Густаву Вазе Шведскому. А в начале своего opus magnum — главного труда — «Наставление в христианской вере» (первое издание — 1536) реформатор написал обращение королю Франции Франциску I.
Особое место в учении Кальвина занимала идея Божественного предопределения.
Сочинение «Трактат о реликвиях», написанное в 1543 году на французском языке, посвящено подлинности многих христианских реликвий, находящихся в храмах и монастырях Западной церкви; в данном сочинении Кальвин подвергает жёсткой критике как подлинность самих реликвий, так и выдвигает идею полного отказа от поклонения мощам и контактным реликвиям.