Преподобный Нил Столобенский родился в конце 15 века в одном из сел Новгородской области, Деревской пятины, Жабенского погоста. Кто были родители преподобного и какое имя они носили в мире, неизвестно. Известно только, что отец и мать его вели благочестивую жизнь и воспитали сына в страхе Божием.