Третий том «Истории» описывает период, когда собор сформировался в основных своих чертах. В лице папы Павла VI, преемника Иоанна XXIII, собор обрел нового главу. В результате пересмотра соборных текстов во время первого межсессионного периода складывается новая повестка собора — в соответствии с желанием большинства, находившегося на периферии во время первой сессии. Назначение папой четырех модераторов дало собору новое руководство.
Этот том описывает нелегкую обстановку, в которой оказался папа Павел VI, избранный уже в ходе собора, а также сложности, сопряженные с отсутствием однозначного видения собора. Центром дискуссии стал вопрос о епископской коллегиальности. Собор утвердил два первых документа: «Конституцию о Священной Литургии» и «Декларацию о средствах массовой информации». Экуменическая направленность собора нашла свое выражение не только в обсуждении декрета об экуменизме, но и воплотилась в паломничестве папы на Святую землю. В течение второго межсессионного периода собор продолжил свою работу. Плодами этих трудов стали начало литургической реформы, пересмотр основных текстов, решение сократить их общее количество и упростить процедуру работы над ними, что сделало бы возможным окончание собора уже на третьей сессии.