Во вторую часть публикации «История Псковской православной миссии в документах» вошли судебно-следственные дела духовенства и служащих т. н. Псковской миссии, действовавшей в период немецкой оккупации в Прибалтике, Западной Украине, Западной Белоруссии и на Северо-Западе России.
Судебно-следственные дела выявлялись в архивах Москвы, Санкт-Петербурга, Пскова, Новгорода, Латвии и Литвы. Всего было выявлено 73 дела, индивидуальных и групповых. Из них для данной публикации было отобрано 10 дел из архивов УФСБ СПБ и Ленинградской области, УФСБ по Псковской области и Национального архива Латвии. По документам этих дел выявлено более 500 осужденных, имеющих отношение к Псковской миссии.
Основным обвинением по делам служили не только факты сотрудничества с оккупантами, выдача партизан, но и сданные фашистам историко-культурные ценности. Всех проходивших по делам Псковской миссии обвиняли в измене Родине.