Василий Болотов происходит из старинного рода духовенства Тверской епархии. Его предки на протяжении нескольких поколений служили в селе Савцыно Кашинского уезда и носили фамилию Савцынских, а потом получили фамилию Болотовых. Василий Васильевич был сыном дьячка Троицкого собора Осташкова Василия Тимофеевича Болотова.