Собрание трудов равноапостольного Николая Японского, представленное в 6 томах, включает официальную переписку, частные письма и дневники угодника Божия. В состав издания также входят сопутствующие материалы, относящиеся к деятельности святого и Российской духовной миссии в Японии. Все тексты издаются в новой орфографии и снабжены научно-справочным аппаратом: комментарием, словарями упоминаемых лиц и географических названий. Ряд документов публикуется впервые.
Во второй том вошла официальная переписка, охватывающая период с 1884 по 1912 г. Издание снабжено иллюстрациями и картой миссионерских путешествий начальника Российской духовной миссии за 1891-1898 гг.