Собрание трудов равноапостольного Николая Японского, представленное в 6 томах, включает официальную переписку, частные письма и дневники угодника Божия. В состав издания также входят сопутствующие материалы, относящиеся к деятельности святого и Российской духовной миссии в Японии. Все тексты издаются в новой орфографии и снабжены научно-справочным аппаратом: комментарием, словарями упоминаемых лиц и географических названий. Ряд документов публикуется впервые.
В третий том включены частные письма святого за 1860-1911 гг., адресованные разным лицам. Издание снабжено иллюстрациями, среди которых имеются рисунки святителя Николая.