Собрание трудов равноапостольного Николая Японского, представленное в 6 томах, включает официальную переписку, частные письма и дневники угодника Божия. В состав издания также входят сопутствующие материалы, относящиеся к деятельности святого и Российской духовной миссии в Японии. Все тексты издаются в новой орфографии и снабжены научно-справочным аппаратом: комментарием, словарями упоминаемых лиц и географических названий. Ряд документов публикуется впервые.
Четвертый том содержит дневниковые записи и миссионерские заметки, которые святой вел с 1870 по 1888 г.