Собрание трудов равноапостольного Николая Японского, представленное в 6 томах, включает официальную переписку, частные письма и дневники угодника Божия. В состав издания также входят сопутствующие материалы, относящиеся к деятельности святого и Российской духовной миссии в Японии. Все тексты издаются в новой орфографии и снабжены научно-справочным аппаратом: комментарием, словарями упоминаемых лиц и географических названий. Ряд документов публикуется впервые.
В первом томе собрана официальная переписка равноапостольного Николая Японского за 1860-1883 гг. Издание содержит фотодокументы эпохи святого, факсимиле части его рукописей, карту Японии конца XIX века с обозначением маршрутов его миссионерских путешествий, демонстрирующую распространение Православия в стране.